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固相萃取柱壓力可分為：減壓、加壓、常壓。減壓柱能夠減少固定相硅膠的使用量，缺點有：第一，大量的空氣通過硅膠會使溶劑揮發(fā)（有時在固相萃取柱外面有水汽凝結(jié)）；第二，可能會造成易分解物質(zhì)的損失；第三，抽氣泵的使用，會延長過柱萃取時間，增加噪音。

固相萃取柱加壓是一種較好的使用方式，特別適用于易分解樣品的分離。加壓可以增加淋洗劑的流動速度，減少產(chǎn)品收集時間，缺點是：第一，減低柱子的塔板數(shù)；第二，壓力過大，溶劑流速過快減低分離效果，所以柱加壓在普通的有機化合物的分離中較適用。其他條件相同時，常壓柱效率最高，但耗時，比如天然化合物的分離。